Đây là thời kỳ các giáo đoàn được hình thành và phát triển mạnh mẽ:

Giáo đoàn 1: Do Tổ sư Minh Đăng Quang thành lập từ năm 1944 và trực tiếp thu nhận Tăng Ni xuất gia và hướng dẫn hành đạo. Sau khi Tổ sư vắng bóng, Giáo đoàn vẫn tiếp tục hành đạo, mở đạo dưới sự hướng dẫn của Nhị tổ Giác Chánh. Giáo đoàn 1 có 21 ngôi tịnh xá[1]; 03 vị giáo phẩm là Ủy viên Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam[2] và 1 vị là Ủy viên Hội Hồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam[3].

Giáo đoàn 2: Do trưởng lão Giác Tánh và trưởng lão Giác Tịnh thành lập. Giáo đoàn 2 gồm 15 ngôi tịnh xá, tịnh thất ở Hàm Tân, Phan Thiết, Khánh Hoà, Quy Nhơn...

Giáo đoàn 3: Do trưởng lão Giác An thành lập hành đạo tại các tỉnh Tây Nguyên như: Daklak, Gia Lai, Kontum …

Giáo đoàn 4: Do Hoà Thượng Pháp sư Giác Nhiên làm trưởng Giáo đoàn. Các tịnh xá được Giáo đoàn hình thành phần nhiều tại các tỉnh miền Đông và miền Tây Nam Bộ như: Bà Rịa - Vũng Tàu, Đồng Nai. Bình Dương, Tây Ninh, Cần Thơ, Sóc Trăng, An Giang, Kiên Giang…

Giáo đoàn 5: Do trưởng lão Giác Lý đứng ra thành lập từ năm 1960 và làm Đệ nhất Trưởng Giáo đoàn. Giáo đoàn 5 có hơn 20 tịnh xá, tịnh thất Ở Quảng Nam (Hội An), Cam Ranh, Tháp Chàm, Bình Long, Bà Rịa -VũngTàu, Tp. Hồ Chí Minh, Bến Tre, Vĩnh Long và Gò Công…

Giáo đoàn 6: do Hoà Thượng Giác Huệ đứng ra thành lập từ năm 1962 đặt trụ xứ gốc tại giảng đường Lộc Uyển, quận 6,Tp. Hồ Chí Minh. Giáo đoàn hiện có 18 ngôi tịnh xá, tự viện và tịnh thất.

Ngoài ra còn có Giáo hội Ni giới Khất sĩ do Ni Trưởng Thích Nữ Huỳnh Liên đứng ra thành lập. Giáo hội Ni Giới Khất sĩ Việt Nam, đặt trụ sở tại tịnh xá Ngọc Phương, quận Gò Vấp, Tp. Hồ Chí Minh.